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中国科学院上海生命科学研究院（简称上海生科院）成立于1999年7月3日，是由中国科学院原上海生物化学研究所、上海细胞生物学研究所、上海生理研究所、上海脑研究所、上海药物研究所、上海植物生理研究所、上海昆虫研究所和上海生物工程研究中心等8个生命科学研究机构经过结构调整、体制创新而组建成的。现有8个研究所和3个支撑单元，分别是生物化学与细胞生物学研究所、神经科学研究所、药物研究所、植物生理生态研究所、健康科学研究所、营养科学研究所、上海巴斯德研究所和中科院－马普计算生物学伙伴研究所，以及上海生命科学信息中心、上海中科伍佰豪生物工程研究发展有限公司、上海实验动物中心。

中国科学院南京地质古生物研究所成立于1951年，其前身为前中央研究院地质研究所及前中央地质调查所等机构的古生物室(组)，目前是我国唯一的从事古生物学(古无脊椎动物学与古植物学)和地层学研究的专业机构。

中国科学院古脊椎动物与古人类研究所的前身是原中国农商部地质调查所新生代研究室，创建于1929年。古脊椎动物与古人类研究所是我国古脊椎动物与古人类两门基础学科的专门研究机构。近年来，研究所坚持“注重基础，突出重点，面向国际，永争一流”的理念，不断加强原始创新，增强科研整体竞争能力，取得了一系列具有独创性和重大国际影响的科研成果，在国际学术界以及社会中的影响力日益增强。

中国科学院国家科学图书馆于2006年3月由中国科学院所属的文献情报中心、资源环境科学信息中心、成都文献情报中心和武汉文献情报中心四个机构整合而成，实行理事会领导下的馆长负责制。总馆设在北京，下设兰州、成都、武汉三个二级法人分馆，并依托若干研究所（校）建立特色分馆。全馆现有员工470余人，馆舍建筑面积8万平方米，依托网络提供高速、便捷的科技信息服务。

中国科学院国家天文台成立于2001年4月，由中国科学院天文领域原四台三站一中心撤并整合而成。国家天文台包括总部及4个直属单位，分别是：中国科学院国家天文台云南天文台、中国科学院国家天文台南京天文光学技术研究所、中国科学院国家天文台乌鲁木齐天文站和中国科学院国家天文台长春人造卫星观测站。紫金山天文台、上海天文台继续保留院直属事业单位的法人资格，为国家天文台的组成单位。

建院初期，中国农业科学院科研机构的布局与设置是：应用基础研究、基础工作、综合性作物与畜禽、经济管理、情报信息等研究所，一般设在北京，而专业性作物或畜禽的研究所，一般设在主产区，如蚕业所设在江苏镇江，花生所设在山东莱阳，麻类所设在湖南沅江，棉花所设在河南安阳白壁乡等。

中国社会科学院

中国科学院

中国科学院研究生院（英文名：Graduate University of Chinese Academy of Sciences）成立于1978年，是经国务院批准创办的第一所研究生院，是国家教育部正式批准成立的正规高校，是一所专门从事博士、硕士研究生教育的新型现代化研究型高等院校。作为我国国民教育体系的一部分，与其他正规高校一样，招生纳入国家计划，学位授予由国务院学位委员会管理。中国科学院研究生院培养了我国的第一个理学博士、第一个工学博士、第一个女博士、第一个双学位博士。

中国医学科学院（下称医科院）成立于1956年，是我国唯一的国家级医学科学学术中心和综合性医学科学研究机构。北京协和医学院（下称协和医大）是我国最早设有八年制临床医学专业和护理本科教育的重点医科大学，其前身是"北京协和医学院"，由美国洛克菲勒基金会于1917年创办。医科院与协和医大实行院校合一的管理体制，医科院为协和医大提供雄厚的师资和技术力量，协和医大为医科院培养高层次的人才，相互依托，优势互补，教研相长。院校设有18个研究所（以及2个分所）、５所分院、7所临床医院（含与北京市共建的天坛医院）、5所学院。