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本所成立於1928年。是年初，大學院中央研究院籌備委員傅斯年向大學院院長蔡元培建議設置歷史語言研究所。3月，本院於廣州中山大學籌設歷史語言研究所，聘傅斯年、顧頡剛、楊振聲三人為常務籌備員。7月，正式成立，由傅斯年代行所長職務。10月22日遷入廣州柏園，始有獨立所址，後經議定，以此日為本所所慶紀念日。

中国科学院南京地质古生物研究所成立于1951年，其前身为前中央研究院地质研究所及前中央地质调查所等机构的古生物室(组)，目前是我国唯一的从事古生物学(古无脊椎动物学与古植物学)和地层学研究的专业机构。

中国科学院古脊椎动物与古人类研究所的前身是原中国农商部地质调查所新生代研究室，创建于1929年。古脊椎动物与古人类研究所是我国古脊椎动物与古人类两门基础学科的专门研究机构。近年来，研究所坚持“注重基础，突出重点，面向国际，永争一流”的理念，不断加强原始创新，增强科研整体竞争能力，取得了一系列具有独创性和重大国际影响的科研成果，在国际学术界以及社会中的影响力日益增强。

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